Se tiene antecedentes que los primeros pobladores del municipio de San Joaquín, provienen de la Huasteca y del Golfo de México, según análisis osteológico realizado a un individuo de sexo femenino que presenta una forma semejante a los de Zapotal, Veracruz.
Posteriormente, la región fue habitada por los Pames, quienes debieron llegar desde el siglo XIII a través de la Sierra Gorda, y los Jonaces que entraron al territorio del actual Estado de Querétaro en una época mucho más cercana, quizás a fines del siglo XIV.
Antes de la llegada de los Españoles, la Sierra Gorda de Querétaro estuvo poblada por grupos Otomíes, Chichimecas, Jonaces y Pames. La extensión de la conquista española alcanzó el territorio ocupado por aquellos grupos; obligándolos a lo que hoy se conoce como la “Guerra Chichimeca”.
En ésta, los grupos Otomíes fueron rápidamente controlados, mientras que los Pames subsistieron en pequeños núcleos al norte del estado; en tanto que los Jonaces fueron sometidos por medio de las campañas militares que realizaron los españoles en la región.
La fundación de San Joaquín, se debe a Jerónimo de Labra (el viejo) y al padre Ochoa, quienes llegaron a un lugar llamado Ranas, en donde se encontraban asentadas cuatro cuadrillas de indios chichimecas, y ahí estableció la misión de San Nicolás de Tolentino, el 13 de noviembre de 1682.
La segunda fundación fue el 30 de diciembre de 1722, cuando el virrey don Juan de Acuña, Marqués de Casa Fuerte, dispuso premiar a un cuerpo de milicianos que a sus expensas organizaron persecuciones en contra de los chichimecas que defendían su territorio. Los milicianos recibieron tierras realengas ubicadas en Ranas y el primer reparto tuvo lugar el 7 de agosto de 1724.
Los antepasados procedieron a enterrar sus centros ceremoniales religiosos para que no fueran violados y durante 227 años no existió dominio directo de los españoles sobre la Sierra Gorda, y mucho menos sobre esta tierra, ya que era uno de los rincones más aislados de la jurisdicción de Cadereyta, al grado que ni siquiera era mencionado en ninguno de los mapas de la época colonial.
En el siglo XIX se sucedió la tercera fundación, sobre la cual se conforma lo que hoy es San Joaquín; misma que tuvo lugar el 16 de agosto de 1806 por familias mestizas que llegaron a la región atraídos por el gran auge de la minería; quedando avecindados en esta tierra familias como, los Martínez y Ledesma que vinieron de Valladolid, hoy Morelia. Del mismo modo, los Torres Acosta, de Alaquines, San Luis Potosí; los Visuett, de Nueva Santander, hoy Tamaulipas; los Jiménez del estado de Guanajuato; los Camacho de Tecozautla, Hidalgo; los Flores, del Palmar, Cadereyta; y los Herrera de Vizarrón.
La primera vez que se nombró a esta tierra fue en un mapa elaborado para mostrar la Diócesis de Querétaro, en el año de 1864, en el que aparece el nombre de Ranas y poco más abajo un letrero que indica “La Ciudad”.
El nombre de San Joaquín aparece en la lista de las municipalidades que fue publicada en el Diario Oficial “La Sombra de Arteaga” con motivo de la publicación de un decreto de ley aprobado por la XXXII legislatura y promulgado por el gobernador C. Noradino Rubio Ortíz, el 3 de julio de 1941, en el cual se establecen las 18 municipalidades del estado, y de este municipio dice San Joaquín, la Villa de su nombre con sus barrios y subdelegaciones, dependientes directamente de la presidencia municipal; dándose la creación del municipio de San Joaquín por la segregación del municipio de Cadereyta de Montes.
