Los Pames ocuparon la región Noreste de la Sierra Gorda de Querétaro, junto a ellos se encontraban ya en el siglo XVI, pequeños núcleos de Otomíes y Huastecos.
En 1550 llegan los primeros españoles, quienes tardarían más de 200 años en conquistar la región. Los primeros religiosos en Landa fueron los agustinos de la provincia de Mixico y los franciscanos de la provincia de Michoacan. La labor evangelizadora de estos frailes se llevó a cabo en algunos pueblos antiguos, como Tilaco y El Lobo, que pertenecían al distrito de Xilitla.
Específicamente entre 1550 y 1557, los agustinos de Xilitla entraron a Jalpan, Tilaco, Concá y Tancoyol. Más tarde, en 1569, los chichimecas se alzaron en Jalpan, quemaron la ciudad, fueron contra Xilitla pasando por Landa y entraron a Chapuluacán. En el año de 1578 los chichimecas fueron vencidos y se reedificó Jalpan.
Fue en el siglo XVII cuando entró a la Sierra Gorda un misionero agustino venido desde Xilitla. En 1624 los franciscanos enfrentaron a los hacendados de Río Verde, en defensa las tierras de los indios, afectando a las misiones de las Sierra Gorda. Y en 1669, desde Río Verde, los franciscanos intentaron la fundación de las misiones de la Sierra Gorda. Posteriormente se crearon “protectorados”, los cuales pelearon entre sí para obtener el control de la Sierra Gorda.
Jerónimo Labra fue nombrado en 1716 Capitán General y Protector General de los indios Chichimecas de toda la Sierra Gorda, cabo y caudillo de sus fronteras vecinas y circunvecinas. En 1742 desaparecieron los protectorados y José de Escandón se encargó de pacificar la Sierra Gorda.
En abril y mayo de 1744 se fundaron las dos misiones ubicadas en lo que hoy es el municipio de Landa de Matamoros: Landa, el 29 de abril; y Tilaco, el 1 de mayo. Se encomendaron al Colegio de Propaganda FIDE de San Fernando México.
En 1750 con la llegada a la Sierra Gorda de fray Junípero Serra, con sus hermanos franciscanos y los indígenas se dio inicio a la construcción de las cinco edificaciones que hoy forman parte de nuestro patrimonio cultural, artístico e histórico. Bajo su mando, la región serrana alcanzó uno de sus mejores momentos en organización, producción y economía.
Así, entre los años 1754-1762 se dio la construcción del templo de la Misión de Tilaco, bajo la advocación de San Francisco de Asís. Similarmente, entre 1760 y 1768 se edificó la Misión de Landa bajo la advocación de la Purísima Concepción.
En esa década una epidemia de viruela azotó a los indios reducidos, causando la muerte de 5,300 y despoblando así las misiones.
Sería hasta 1808 que se da la llegada de Mariano Matamoros a la Misión de Landa. Cuatro años después la Guerra de Independencia llegó a la Sierra Gorda al refugiarse en ella los insurgentes Ignacio y Rafael López Rayón, José María Liceaga, Julián y Francisco Villagrán y Luis Herrera, entre otros.
Alrededor de 1825, según la Constitución Política del Estado de Querétaro, Landa se convirtió en municipalidad del distrito de Jalpan. Sin embgargo, en 1917 la Ley Orgánica del Municipio Libre y Soberano de Querétaro Arteaga, estableció que Landa no se consignara como municipalidad, se le asignó categoría de Villa en la municipalidad de Jalpan.
En 1919 según Decreto No. 11, se registró la Subdelegación de Landa de Matamoros (antes Landa) en la municipalidad de Jalpan de Serra. Es en este año, cuando la Legislatura del Estado decretó que en honor del patriota insurgente don Mariano Matamoros, se agregara a la población de Landa el apellido de este personaje, en virtud de sus servicios prestados a la patria.
Entre 1926 y 1929 la última rebelión campesina de México inflamó la Sierra Gorda, los cristeros se levantaron en armas y realizaron una guerra heroica aunque estéril, como las que iniciaron sus antepasados.
El 24 de abril de 1941, según la Ley No. 55 se restituyó el municipio de Landa de Matamoros (antes Landa), con comunidades segregadas del municipio de Jalpan.
A partir de 1962, Jalpan inició un desarrollo sostenido, al lograr la introducción de infraestructura y servicios básicos como: carretera, caminos, puentes, energía eléctrica y agua potable.
