A partir del período clásico tanto en el Estado de Querétaro como en el valle del Bajío hay restos claros de una cultura Mesoamericana.
En la región serrana resaltan dos centros: Toluquilla y Ranas. Aquí destaca el centro ceremonial “El Pueblito”, conocido como “El Cerrito” que tiene características monumentales y que se manifiesta como un lugar cívico ceremonial y que al mismo tiempo servía de núcleo a una zona habitacional de enorme extensión.
Los estudiosos de las culturas prehispánicas radicadas en Querétaro coinciden en que los asentamientos realizados en este valle, aproximadamente en el año 200 d.C., se dieron simultáneamente con la movilización hacia el Norte de las culturas de Mesoamérica.
Por los vestigios, es de señalarse que eran grupos humanos con un alto desarrollo cultural de influencia Teotihuacana.
No se sabe por qué fue abandonado el centro ceremonial “El Cerrito”; algunos argumentan que la causa fue por los cambios climatológicos, otros por guerras y hay quienes sostienen que fueron expulsados por la expansión de los grupos nómadas del Norte.
En contraste, los grupos de Otomíes o Ñhañhú, son descritos como sedentarios, agricultores y cazadores, pero de gran decisión en las batallas, por lo que los mismos Aztecas les reconocían esa capacidad.
Cabe agregar que se le ha llamado “la Nación Otomí” a los antepasados de los actuales Ñhañhú de Amealco y Tolimán, así como los pocos Pames (que se nombran a sí mismos como Xi’oi o Pami, que fue el nombre con que los denominaron los primeros españoles) que habitan en Tancoyol. Como grupo “Otopame” se identifican más con los Mazahuas, Matlatzincas y Nahuas o Mexicas.
Al Noreste se estuvo en contacto con la cultura Olmeca y posteriormente con la Huasteca; al Sur con la Otomí de los actuales Estados de Hidalgo y México y, al Surponiente, con los Purépechas de Michoacán.
Hacia 1440-1446 Querétaro fue parte del señorío de Xilotepeque, dependiente a su vez del imperio Mexica, según datos encontrados que permiten tener una noticia desde la época de la administración del señor mexica Ahuízotl (1486-1502), por lo cual este lugar fue considerado frontera de dos imperios y frente hacia tierras Chichimecas, pero viene al caso decir que hubo avanzadas hacia el Norte de la entidad, según atestiguan las ruinas arqueológicas de Toluquilla, Ranas y Quirambal, mismas que se perdieron según fueron avanzando con más fuerza los Chichimecas.
Las primeras incursiones españolas en suelo queretano ocurren entre 1526 y 1529. Fueron a través de Huimilpan y La Cañada, con enviados de la encomienda de Acámbaro, a cargo de Hernán Pérez de Bocanegra. Posteriormente vinieron algunos Franciscanos de las custodias de San Luis de la Paz primero, y posteriormente de Apaseo.
El primer nombre que se conserva de algún Franciscano es el de fray Alonso Rengel y, ya viudo y ordenado sacerdote secular, el licenciado Juan Sánchez de Alaniz.
La etnia Otomí (Nhäñhú) forma parte de los grupos indígenas de esta región, que además ha sobrevivido hasta nuestros días.
Estaba organizada en grupos de familias emparentadas y establecidas en un territorio delimitado.
Sus integrantes construían sus habitaciones de adobe, junto con otros elementos de la región. Las mujeres vestían el huipil y la enagua, y los hombres usaban taparrabo y ayate.
Los hombres usaban desde jóvenes el pelo largo pero a los niños los rapaban, permitiendo a las mujeres el uso del pelo largo pero cortado en la frente. Se dedicaban al cultivo de la tierra y aún cuando estaban preparados para la guerra, no vivían para ella.
Eran profundamente religiosos y practicaban rituales complejos con un calendario tan amplio que duraba todo el año.
Desde los días de la conquista de México, los españoles tenían conocimiento de estas tierras, por lo que continuaron su avance; pero tal parece que fueron rechazados por los mismos habitantes.
Esto motivó a Hernán Pérez de Bocanegra a desplazarse por el Sur, dando motivo a las fundaciones de Huimilpan (1529) y Acámbaro.
Más adelante se iniciará la historia cuando Maceguales, Otomíes y Chichimecas de Tlachco, Cincoque e Yztaquechichimeca (Querétaro, Apapátaro y San Juan del Río respectivamente) al mando del principal de Xilotepeque se unan a Cortés.
En 1529 Nuño de Guzmán salió a la conquista de Jalisco atravesando Michoacán. Se impuso en la región e hizo reparto de encomiendas.
No se sabe a ciencia cierta en qué momento de 1531 estos conquistadores se encontraron con Querétaro; les hicieron saber a los pobladores que desde ese momento pertenecían a la Nueva Galicia y los invitaron a ser vasallos de Nuño.
Y fue en este momento cuando aparece por primera vez Nanacach (vocablo náhuatl que significa ruido; conní en Ñhañhú dice lo mismo) al mando de los Otomíes que habían huido de Xilotepeque.
Este personaje recibió de los Tenochcas el encargo de recoger los tributos (calpixque), radicándose en Querétaro (Tlachco) desde 1528. Fue bautizado primero como Hernando o Fernando de Bocanegra, en honor del encomendero.
En el caso de Querétaro, los españoles que tomaron Tlachco a nombre de Nuño de Guzmán, simbolizaron su posesión poniendo una cruz por mojonera en al cima del Sangremal (Ynlotepeque, corazón de cuesta), lugar sagrado desde tiempo inmemorial. Este lugar es en el que, según la leyenda, pelearon los cristianos con los indios locales.
La historiadora Lourdes Somohano nos aclara y revela que la pelea no fue de Otomíes contra Chichimecas, sino que uno de los bandos estuvo conformado por los españoles de Nuño y sus aliados Purépechas, y por el otro Otomíes y Chichimecas de Tlachco.
El solar donde se colocó la cruz era de Nanacach (Conní) y fue la mojonera que señaló los límites entre este reino y la Nueva España; así Tlachco pasó a pertenecer al territorio de Nueva Galicia. Estos nuevos conquistadores negociaron con Nanacach y Olin, el principal Chichimeca.
Así estos dos últimos se encargaron de apaciguar a la gente y fueron recompensados al nombrarlos caciques, independizándolos de Xilotepeque, con lo cual se beneficiaban.
Nuño dio en encomienda a los indios de Tlachco y Cincoque entre españoles residentes en Michoacán. No les gustó la encomienda y se la dieron a Hernán Pérez de Bocanegra quien tomó posesión en 1534. Se instalaron en casa de Nanacach, junto con él llegaron indios Purépechas de Acámbaro.
En 1536 el cacique de Xilotepeque y los principales iniciaron el pleito contra Hernán Pérez de Bocanegra por Tlachco y los pueblos que consideraban de su jurisdicción. Otro pleito de por medio fue el suscitado por los límites entre las jurisdicciones de Nueva Galicia y la Nueva España. A estos pleitos se sumó en 1538 una demanda de Fernando Cantillana a Juan Jaramillo por la encomienda de Xilotepeque, pero no prosperó debido a que había dejado pasar demasiado tiempo.
En 1541 Bocanegra perdió el pleito porque no pudo mostrar escrituras de su propiedad. La relación de Tlachco con Acámbaro y Apaseo continuó. Al perder Bocanegra la encomienda de la evangelización de la región pasaría a depender de la Audiencia de México y por tal motivo Vasco de Quiroga, obispo de Michoacán, inició un pleito contra el Arzobispo de México por Querétaro que duraría cuarenta años, ganándolo el segundo.
Más de un siglo después, fray Isidro Félix de Espinoza escribió lo que bien pudiera llamarse la primera crónica de Querétaro, en la que narra la batalla, como si realmente la hubiese visto.
