Algunas investigaciones permiten suponer la influencia de una cultura del Preclásico mesoamericano, muy similar a la de los huastecos del Golfo de México.
Ezequiel Montes tuvo su origen en un rancho llamado Corral Blanco, el cual fue integrado por ocho familias. Cabe destacar que desde entonces, aún siendo rancho, ya era una comunidad destacada en el comercio.
Por efecto de la “Ley Lerdo” del 25 de junio de 1856, proyectada por don Miguel Lerdo de Tejada, la cual ordena la desamortización de bienes de corporaciones civiles y eclesiásticas, tras la Guerra de Reforma, Julián Velázquez Feregrino compró el rancho de Corral Blanco a la Cofradía de San Nicolás de Tolentino perteneciente a la Parroquia de San Pedro y San Pablo de la entonces Villa de Cadereyta, instalándose ahí junto con sus hijos, donde construyó la primera casa en la esquina de las actuales calles de Belisario Domínguez y Av. Juárez.
Este rancho había sido nacionalizado por pertenecer a la cofradía de San Nicolás Tolentino de la parroquia de San Pedro y San Pablo de Cadereyta, Qro. La extensión de Corral Blanco abarcaba todo lo que hoy es el centro de la Cabecera Municipal y era llamado así porque las bardas que lo delimitaban eran de piedra de tepetate o calizas.
El acontecimiento del asalto del 20 de septiembre de 1861 fue considerado como causa de la fundación de Corral Blanco, hoy ciudad de Ezequiel Montes. En esa fecha, la familia Velázquez celebró una fiesta a la que acudieron familiares y amigos. Desafortunadamente, al anochecer fueron asaltados por vándalos de la región. Este percance originó que Don Julián invitara a sus visitas a vivir en Corral Blanco, ofreciéndoles un solar como obsequio.
En aquellos primeros años de vida, las actividades económicas eran la herrería, la agricultura, el comercio y la ganadería; así en poco tiempo se convirtió en un centro importante de compraventa por ser paso obligado entre el Norte y el Sur del estado.
El 12 de enero de 1881 se inició la construcción de la primera iglesia pero sus promotores, Don Julián Velázquez Feregrino y Don Pedro Montes Hernández, murieron al poco tiempo y la iglesia quedó sin terminar. En 1905 el señor Joaquín Vega Díaz, autoridad del lugar, con la ayuda entusiasta del pueblo, concluyó la construcción del templo dedicado a Nuestra Señora de Guadalupe.
Con la colaboración de los vecinos, en el año de 1915 se inició la construcción del Panteón Municipal, bajo la dirección del Sr. José María Velázquez Montes, quien murió ese mismo año y por ironía del destino fue enterrado ahí.
En el año de 1918, por iniciativa de los diputados Roberto Nieto y Luís de Ocampo, se le dio el nombre de “Villa de Ezequiel Montes”, título de Delegación perteneciente al actual Municipio de Cadereyta de Montes; siendo su primer Delegado el Sr. Gumersindo Montes. En este mismo año se inició la construcción de la escuela Primaria que lleva el nombre de Don Julián Velázquez, la cual fue inaugurada por el entonces Gobernador del Estado Sr. Joaquín de la Peña.
En 1923 se construyó la presa, obra dirigida por Don José Guadalupe Trejo Vega y del Delegado Porfirio Vega, impulsándose la urbanización del pueblo.
En 1923, se instaló una planta de luz y un molino de nixtamal particular y en 1934 se construyó el primer jardín público sobre el cementerio del templo. El 24 de abril de 1941, por decreto número 55 de la H.
Legislatura del Estado de Querétaro, se declaró a Ezequiel Montes como Municipio Libre y Soberano, siendo el primer Presidente Municipal el señor Prócoro Montes Dorantes, teniendo como Delegaciones a Villa Progreso y Bernal y como Subdelegaciones a Los Pérez, Jagüey Grande, Las Rosas, El Ciervo y Los Velázquez.
En el año de 1942 fue inaugurado el edificio de la Presidencia Municipal, en el que actualmente se encuentra el Auditorio Municipal. En 1947 se logró la introducción del agua potable, cuando era Presidente Municipal Ezequiel Velázquez Vega (1946-1949); además, se estableció la Campaña Nacional para la Erradicación de la Fiebre Aftosa, de gran importancia por la naturaleza ganadera del municipio.
En el año de 1956 durante la administración del C. Ezequiel Velázquez Vega, fue derribado el bordo y en esa superficie se inició la construcción del actual jardín “Adolfo López Mateos”. Un año después fue inaugurada la red de energía eléctrica. En 1959 se inició la construcción de la Parroquia de la Divina Providencia.
En 1967 se construyó e inauguró la primera Escuela Secundaria. En 1970 fue inaugurado el actual Palacio Municipal. Entre 1973 y 1976 inició labores la Escuela Preparatoria.