Los primeros habitantes de la región fueron tribus semisedentarias pero debido a la fertilidad de la tierra, dicha región fue invadida por tribus nómadas Chichimecas procedentes del Norte; iniciándose así un mestizaje entre estos grupos. Hacia el año 400 de nuestra Era, los Mexicas y Purépechas se adueñaron de la parte minera de la Sierra Gorda, pero al poco tiempo fueron rechazados por los Chichimecas, que se distinguieron por su habilidad para la guerra.
El reino de Oxitipa, cuyo lugar central de mando fue la actual Ciudad Valles, San Luis Potosí, y que comprendía los municipios de la Huasteca Potosina, sometió a esta región pero se ignora la fecha en que dominaron a los Pames del actual Arroyo Seco. Entre 1400 y 1469, Oxitipa fue conquistada por MoctezumaIlhuicamina y los Pames, a su vez, se convirtieron en sus tributarios. Esta situación se prolongó hasta la caída del Imperio Azteca.
Se sabe que en 1532, el conquistador Nuño Beltrán de Guzmán entró a la Sierra Gorda y asoló la región. A partir de entonces se efectuaron varios intentos de evangelización por frailes Franciscanos y Agustinos; intentos que fueron obstaculizados continuamente por levantamientos de grupos indígenas que, resentidos por la crueldad de los españoles, huyeron a las montañas e inaccesibles barrancas.
La primera población de españoles en toda esta región fue la hacienda de San Nicolás Concá, poblada entre los años de 1533 y 1538 durante la encomienda de Pedro Guzmán. Su territorio ocupaba gran parte de la Sierra Gorda y entraba hasta el territorio del actual Estado de San Luis Potosí.
En 1587 Jalpan, Concá y su comarca fueron adoctrinados por los Agustinos de Xilitla. En enero y febrero del año 1601, Fray Lucas de los Ángeles, Franciscano del convento de Xichú, visitó muchos lugares de la Sierra Gorda; y en Concá convirtió a los Pames; bautizando a ocho de ellos.
En 1609 el Virrey Don Luis de Velasco firmó un decreto para que los Franciscanos dejaran la Misión a los Agustinos de la Provincia del Santísimo Nombre de Jesús de México para evangelizar a la Sierra Gorda; incluyendo el actual territorio del municipio de Arroyo Seco.
No obstante, los Franciscanos de la Provincia de Michoacán permanecieron en la Sierra. Los Franciscanos y los Agustinos pugnaron misionar en la Sierra Gorda pero los que más tiempo duraron fueron estos últimos; quienes aprendieron los dialectos de los Pames y se adaptaron a sus costumbres al convivir con ellos.
Se considera que para el año de 1749 se conquistó totalmente la región. En ese mismo año llegaron de la Nueva España más frailes Franciscanos; destacando la figura de Fray Junípero Serra, quien llegó a Jalpan en junio de 1750 y a quien se considera el culminador de la transformación de los indígenas y perfeccionador de las cinco Misiones. Según las investigaciones, el templo de Concá fue construido entre marzo de 1750 y septiembre de 1754.
En terrenos de la Hacienda de Concá, donde se encuentra la Laguna de Concá, se desarrolló un combate el 19 de marzo de 1918 entre el general Saturnino Cedillo y el coronel Marcial Cevallos, auxiliado por las defensas sociales de la Sierra.
Durante la Revolución Mexicana, Arroyo Seco fue atacada por el general Cedillo, quien asesinó a muchos hombres inocentes y pacíficos; y saqueó e incendió el poblado. Posteriormente las defensas sociales constitucionalistas creadas en 1917 reunieron a los soldados del municipio y con la ayuda del coronel Cevallos, exterminaron al grupo de Cedillo en el lugar denominado Laguna de Concá.
Fue hasta el año de 1933 durante el período gubernamental de Don Saturnino Osornio, que se elevó a la categoría de Municipio Libre, nombrándose una Junta de Administración Municipal presidida por Antonio Rubio Chávez. En el año de 1935 fue electo como primer Presidente Municipal el C. Angel Torres Montes.
