Probablemente la presencia del hombre en el territorio del actual Estado de Querétaro se remonte a un período de tiempo ubicado entre el 1500 y 2500 A.C., según los datos que arrojaron los estudios de los restos óseos descubiertos en la cueva de San Nicolás, lugar situado en un cerro de Tequisquiapan que limita con el municipio de San Juan del Río.
En dichos restos se advierten los rasgos de hombres de mediana estatura de cabeza alargada, que corresponden al tipo característico de los que pueden ser considerados los primeros pobladores del territorio de Querétaro, los cuales todavía no conocían la agricultura ni la cerámica y pertenecían al tipo humano que atravesó el estrecho de Behring.
Desde muchos años antes que los conquistadores españoles pisaran tierra en este continente, el suelo de Tequisquiapan era habitado por indígenas Otomíes en el límite territorial Oriente del municipio, lindando con el actual Estado de Hidalgo y con los Chichimecas en el resto del territorio; predominando los asentamientos en las comunidades situadas al Sur y al Poniente de la Cabecera Municipal.
La fertilidad de las vegas que se ensanchan al Oriente y al Poniente del río; la generosidad de los manantiales de aguas tibias cristalinas; la belleza exuberante de los árboles de gran follaje, convertidos en centinelas del trayecto caprichoso del caudaloso río; la gran variedad de árboles frutales que en forma silvestre se daban en estas tierras enriquecidas por el aluvión y los limos que dejaban las crecientes al desbordarse el río en temporada de lluvias. Todos estos motivos hicieron desde siempre a Tequisquiapan como el lugar idóneo buscado por el hombre.
La fama que había adquirido esta porción de tierra del actual Estado de Querétaro, traspasó la frontera del territorio Chichimeca, propiciando desde aquellos remotos tiempos, la afluencia de visitantes importantes que tenían conocimiento de las virtudes de las aguas termales que brotaban en abundancia de los manantiales, a las cuales se les atribuyeron dones curativos.
En el pueblo se realizaban importantes reuniones de caciques indígenas, quienes se reunían para acordar pactos políticos, dirimir querellas y realizar trueques de tipo comercial. Se dice que asistían con la convicción de que al sentarse a dialogar en este lugar, invadidos por la tranquilidad y la belleza del mismo, los inspiraría la buena voluntad para negociar y dirimir dificultades, pudiendo además realizar el mejor trato comercial.
El asentamiento indígena antes de la conquista era de indios Chichimecas y Otomíes. A la llegada de los españoles a la región, éstos establecieron una alianza con el cacicazgo Otomí de Xilotepec para que coadyuvaran en la conquista y poblamiento de los territorios que se encontraban al Norte de donde tenían asentados sus reales los caciques Otomíes.
Las fundaciones comenzaron desde San Jerónimo Aculco, San Miguel Canvayn, Alfaxaxuca, Santiago Tecozautla, Gueychiapa, San Juan del Río, Santa María Tequisquiapan y San Juan de los Xarros.
Estos pueblos “en tiempos de la gentilidad se encontraban poblados de naturales, los cuales fueron evangelizados por los misioneros españoles, ayudados en todo por los caciques Otomíes”.
La fundación de Tequisquiapan se dio en forma pacífica. Los indios Chichimecas que eran los menos, convivían en paz con los Otomíes que representaban la mayoría; lo que ayudó a que se viviera con relativa tranquilidad.
Sin embargo, en otros lugares no lejanos a Tequisquiapan seguía la resistencia Chichimeca, siendo hasta doscientos años después, con la caída del último baluarte de la resistencia indígena en la famosa batalla del cerro de la Media Luna de la Sierra Gorda Queretana, cuando el General Escandón acabó con la resistencia Chichimeca Pame en la región.
“Esta población fue fundada el año de mil quinientos cincuenta y uno, por cédulas Reales de Carlos V y firmadas por el Virrey de la Nueva España D. Luis de Velasco y realizada por el conquistador indígena Don Nicolás de San Luis Montañez, el veinticuatro de julio de 1551, acompañado de sus caudillos y capitanes D. Alonso de Guzmán, D. Alonso de Granados, D. Ángel de Villafaña y el Padre D. Juan Bautista.
Se congregaron al despuntar el alba los indios Chichimecas y Otomíes en el lugar señalado para la fundación; se plantó una cruz y se formó con un montón de piedras y cubierto con yerbas y flores, un altar, donde el Padre Juan Bautista celebró el santo sacrificio de la misa como acto oficial de la fundación”.
