El territorio colonense ya se encontraba habitado en el siglo XV, en poder de los Chichimecas Jonaces, quienes expulsaron a los Otomíes hacia el Sur. En 1531, los Otomíes, aliados con los Españoles y al mando de su principal caudillo Don Nicolás de San Luis Montañés, volvieron a ocupar el territorio, estableciendo un presidio en las fronteras de Hospada (voz Otomí que significa “lugar de zopilotes”), al que llamaron San Isidro.
En 1550 la población estaba constituida principalmente por comerciantes, arrieros y artesanos; y era atendida en la “doctrina” por los frailes Franciscanos, denominándose así, San Francisco de Asís Tolimanejo.
Simultáneamente, los españoles fundaron las haciendas de Ajuchitlán y Zamorano a ocho kilómetros de Tolimanejo, al Sur y al Oeste respectivamente, y La Buena Esperanza, situada a 25 kilómetros al Suroeste.
En diciembre de 1687, los frailes Dominicos con los Chichimecas Jonaces fundaron la Misión de Santo Domingo de Soriano, a un kilómetro hacia el Suroeste de Tolimanejo. El 9 de abril de 1691 se dotó de una legua cuadrada de territorio a esta población.
El 12 de julio de 1748, la Misión de Santo Domingo de Soriano fue erigida sede parroquial.
El 7 de abril de 1756, las autoridades fusionaron la doctrina Franciscana de Tolimanejo a Soriano, constituyéndose en una sola Parroquia, quedando así integrados ambos pueblos con las haciendas y rancherías del contorno.
El 13 de agosto de 1825, el congreso de Querétaro creó la municipalidad de Tolimanejo.
El 12 de junio de 1882 se le denominó Colón a la suma de Tolimanejo más Soriano. A este último se le sigue conociendo con ese nombre.
El 7 de enero de 1915 apareció Colón en la nómina de Municipios queretanos. El 28 de junio de 1923 el Congreso de Querétaro erigió definitivamente a Colón como Municipio Libre y Soberano. En 1915 empezó la gestoría para dotar ejido a Colón, ésto se logró en 1919.
El 4 de febrero de 1928 muchos queretanos de la capital y de la comarca se reunieron en Colón levantándose en armas contra el régimen del presidente Plutarco Elías Calles, en defensa de la libertad religiosa. Pero entregaron las armas el 19 de julio de 1929 aquí mismo. Algunos se reunieron en 1933 formando gavillas de guardias blancas de algunos hacendados y años después en 1940 fueron exterminados.
En la década de los años 30’s se desarrolló la dotación de ejidos a la mayoría de las poblaciones de Colón. En total el Municipio cuenta con 44 ejidos; pero actualmente algunos ejidatarios ya venden legalmente sus parcelas, y las factorías industriales emplean a centenares de jóvenes que dejan de ser campesinos.
