Se considera que los primeros pobladores de esta región fueron de origen Olmeca y se asentaron alrededor de 1700 a 1000 años a.C. en los pequeños valles de la Sierra Gorda. Sin embargo, también transitaron por estas tierras otros grupos pertenecientes a las culturas Teotihuacana, Tolteca, Huasteca y Totonaca.
Según las tradiciones, leyendas o historias que se cuentan, el fundador de las Huastecas o la Huasteca es el cacique Cuextécatl.
Dicen las malas lenguas y las buenas también que hace muchos años se reunieron los jefes de algunos pueblos prehispánicos y después de su reunión, congreso o convención y de quizá haber firmado algún convenio favorable a sus intereses, se animaron a brindar por dicho acontecimiento y se echaron entre pecho y espalda cuatro pulques cada uno, no más; pero Cuextécatl se excedió y se tomó uno más, mismo que originó los desfiguros que protagonizó: se quitó el maxtle (taparrabo) y de seguro cometió algunas otras tropelías, por lo que el escándalo fue mayúsculo.
Cuando el cacique tomó conciencia de sus actos se avergonzó tanto que se echó a correr, seguido por quienes hablaban su misma lengua o sea sus súbditos. El caso es que Cuextécatl corrió hasta llegar a Pánuco. Sus seguidores Cuextécos o Huastecos, para que su jefe no se sintiera tan mal, decidieron despojarse de sus maxtles. Ese acontecimiento y la desnudez de los Huastecos se expresan notablemente en su cerámica, caracterizada por figuras eróticas, así como en objetos diversos, donde plasmaron figuras desnudas. El río, como Pánuco o Moctezuma se convierte en ruta para llevar tierra adentro sus productos y es de suponerse que de tierra adentro por la misma ruta se hacían llegar otros productos. Al invadir esta región poblada por nahuas, con un concepto más moralista, se imprime un estilo diferente. Se fusionan las dos culturas surgiendo Huastecos más moralistas: su cerámica, esculturas y objetos con figuras eróticas son transformadas, disfrazando su desnudez con paños de grecas o modificadas con figuras con más recato.
Prueba de ello es “El adolescente Jalpense” encontrado en Jalpan de Serra que data del año 600 a 1000. d.C. que presenta mucha similitud con el adolescente de Tamuín; solamente que el de Jalpan tiene un paño que cubre su desnudez. Una referencia importante para ubicar la presencia de los Huastecos son los edificios de planta circular, (cuecillos), los símbolos del viento, de Quetzalcóatl, Hecatl, Xipetotec o Tlazolteotl.
La asociación de estas divinidades y su significado es casi automática con la cultura Huasteca, aunque las conozcamos ahora en sus advocaciones Aztecas. Aquí surge otro tema: el del mítico Tamoanchan, que es algo así como el paraíso para los antepasados, que de una o otra manera se ligan con la historia de Coextecal y Quetzalcóatl, tanto por la embriaguez como por lo de su viaje y otros detalles.
Tamoanchan es de origen Huasteco y su significado sería “Lugar de niebla y de serpientes”, que concuerda perfectamente con los parajes queretanos, hidalguenses y potosinos de la Huasteca. Otro significado apegado a su etimología sería (tam-lugar, moan-pájaro y tzan-serpiente), lo que nos daría lugar del pájaro serpiente o lugar de la serpiente emplumada.
A principios del siglo XVI, grupos provenientes del Norte, principalmente Chichimecas Pames, Jonaces y Ximpeces, irrumpieron masivamente en la Sierra Gorda. Posteriormente, y como consecuencia de la consolidación político militar de los imperios Mexica y Purépecha, la región queretana quedó colocada en el centro de los intereses expansionistas de ambas partes. Después, la región de Jalpan quedó convertida en tributaria del imperio Mexica y del emperador Moctezuma Ilhuicamina.
Hacia 1537 se inició de manera sistemática la conquista de la Sierra Gorda con el establecimiento en 1546 de una guarnición militar conocida como Fortaleza de los Chichimecas, así como con la fundación de nuevos pueblos de indios Otomíes, que servirían como barrera defensiva contra los continuos e inevitables ataques de los grupos indígenas Chichimecas del Norte. Otra estrategia consistió en el envío de misioneros Dominicos, Agustinos y Franciscanos para promover la evangelización de los indígenas insurrectos y edificar sencillas misiones con templos de paredes de adobe y techos de paja.
Jalpan volvió a destacar durante el período de la Independencia. En 1811, los insurrectos encabezados por el padre Franco, el brigadier Landaverde y los coroneles Rojas y Amaya, hicieron prisionero al Subdelegado Barrenchea, autoridad real en la región . En 1813 el movimiento insurgente local alcanzó un histórico triunfo frente a las tropas realistas comandadas por el capitán Elosúa en el cerro llamado “Loma de la guerra”.
El inicio del siglo XX representó para Jalpan una época de cambios decisivos, pues se introdujo el servicio telefónico (de baterías), la energía eléctrica a base de carburo, la molienda de la caña de azúcar y la operación del telégrafo, entre otros. En 1904 la Villa de Jalpan fue reconocida por decreto del gobernador del Estado como Ciudad.
A partir de 1962, Jalpan inició un desarrollo sostenido, al lograr la introducción de infraestructura y servicios básicos como: carretera, caminos, puentes, energía eléctrica y agua potable.
