En tiempos prehispánicos habitaban la región grupos chichimecas y sería en 1521 cuando llega a vivir a la zona de La Cañada el comerciante otomí procedente de Xilotepec, Conin. Ocho años después se da la llegada del español Hernan Pérez de Bocanegra con algunos tarascos y acuerdan con Conín establecerse ahí.
Fue en el año de 1529 Hernán Pérez de Bocanegra, aliado con los indígenas de Acámbaro, llegó a "Andamaxei", con la pretensión de unificarse con los naturales del lugar y así conquistar la región. Los Indígenas de Acámbaro cuando observaron las características geográficas del lugar, lo llamaron "Querenda" y después "Queréndaro", expresión purépecha que significa "Lugar de Peñas". Con el tiempo el vocablo se transformó en Querétaro.
A esta región se le llamó “La Cañada de Agua Caliente” en 1580, según la denominaron los españoles por la forma de cañada cuya vía se percibía de Saldarriaga hacia el Cerro de las Campanas. Fue alrededor de 1615 que se le conoció únicamente como La Cañada.
Esta población subsistió durante La Colonia por su perseverancia para desarrollar su economía, mediante las labores del campo y la venta de alimentos a los mineros que pasaban por esta población hacia los actuales estados de Guanajuato, San Luis Potosí y Zacatecas.
Es hasta 1941 cuando se crea el municipio de La Cañada, derivado del de Querétaro y en 1949 el nombre del municipio de La Cañada es cambiado a El Marqués, aunque su cabecera no cambia de nombre.
Otro aspecto interesante de la historia del municipio es el Juego de Pelota. Los pueblos indígenas de la antigüedad descubrieron el hule por casualidad mientras buscaban alimentos tales como raíces y frutos en los bosques y selvas que circundaban los lugares en que se habían establecido.
Los felinos, entre ellos el jaguar, solían afilar sus uñas en árboles y troncos rasgándolos. Al hacerlo en el de hule, brotaba de éste un líquido blanquecino, que los indígenas tomaban en las manos para después untárselo en su propio cuerpo.
Una vez seco, desprendían la materia resultante y con las manos hacían una pequeña “bolita”, a la que iban agregando más capas de hule para hacerla más grande. Al arrojarla, notaron que tenía la propiedad de botar, y de esta manera nació la pelota y posteriormente el juego ritual que tantas connotaciones tendría en el mundo Prehispánico.
El rito es de tal significado, que marca el destino de los pueblos que lo practicaron -desde Centroamérica hasta el Sur del territorio estadounidense- y reviste de especial trascendencia a La Cañada y a Querétaro, puesto que ninguna otra ciudad fue nombrada en honor del juego sagrado.
El juego rebasó el límite Norte de Mesoamérica, extendiéndose hasta Arizona, como lo sugiere un campo ovalado de la cultura ojojan en Ujac, El Tajín por ser esta ciudad la más importante de la región. Se han encontrado siete campos de juego, el principal está formado por una calle sin cabezales, en los muros se aprecian seis páneles, cuatro en las cabeceras y dos en el centro, dividiendo el campo en dos partes.
En los tableros centrales se plasmó la figura de Quetzalcóatl, dios del viento, proyectada en dos cuerpos que simbolizan a Venus, estrella vespertina y matutina que muere al salir el sol.
“El campo de juego se llama tachtli y debe ser un terreno completamente plano que mide 60 varas de largo por 5 de ancho, lo divide una raya a la mitad del campo, a las 30 varas, que se llama analco. Es el lugar que ocupan para decidir los puntos buenos y malos. Se acostumbran seis taquinescos o canillas, que son utilizadas como marcadoras, se ponen dos en el analco y dos en las cabeceras.
El jugador siempre debe tratar de pasar la raya, que pase el analco, porque si no llega es punto malo. La regla más importante del juego es que el jugador debe jugar solamente con la cadera, no es permitido que la pelota le toque ninguna otra parte del cuerpo, de lo contrario perdería un punto. Las reglas del juego se juegan a ocho rayas, pero es muy difícil que se gane. Al recibir la pelota y cuando les daba en la boca del estómago, caían al suelo y en algunas ocasiones morían en el mismo instante.