En la región del Semidesierto, donde se localiza el municipio de Cadereyta, existen evidencias de que durante la época Prehispánica estuvo habitada hace aproximadamente 7 000 años por grupos humanos nómadas que se dedicaban a la recolección de alimentos y la cacería.
Estos grupos de recolectores cazadores vivieron, durante el Horizonte Preclásico, períodos de confrontación con grupos mesoamericanos desde el año 1 500 a. C., retrayendo o ensanchando sus áreas de influencia.
Con la llegada de los conquistadores españoles en el siglo XVI, durante el Periodo Post-clásico, la frontera de los indios seminómadas conocidos como Chichimecas, en continua guerra con el señorío Otomí de Xilotepec –tributario de los Aztecas- se ubicaba en el río San Juan.
Ante la presencia de los españoles en su territorio, los indios chichimecos continuamente se pusieron en guerra oponiéndose a la ocupación de tierras y minas en el valle de Maya y en las minas de Maconí, Extremadura y San Juan Tétla, lo que motivó intensas campañas de pacificación emprendidas por militares y religiosos misioneros Franciscanos provenientes de Tecozautla y Huichapan.
Con esta intención, en 1639 el Virrey Lope Diez de Armendáriz, Marqués de Cadereyta, apoyó la pacificación y congregación de los indígenas a cargo del Capitán Alonso de Tovar Guzmán.
Con esta campaña, el 29 de junio de 1640 Alonso de Tovar Guzmán fundó una villa de españoles nombrada Cadereyta, en memoria del Virrey Marqués de Cadereyta, principal patrocinador de la empresa. El Capitán Alonso de Tovar Guzmán encabezó un grupo de colonos españoles e indígenas provenientes de la Provincia de Xilotepec y Huichapan, y cuyo acto sirvió para integrar la región del Cerro Gordo y minas de Maconí al sistema de gobierno virreinal durante los siglos XVII y XVIII.
Con la fundación de esta villa de españoles, los religiosos franciscanos de la Provincia del Santo Evangelio de México fundaron el Convento y Doctrina de San Pedro y San Pablo para la atención espiritual de la población española, mestiza e indígena Otomí, y para la evangelización de los indígenas Chichimecos Jonaces del Cerro Gordo que habitaban en los parajes del Rincón, La Nopalera, El Palmar, Las Aguas, Maconí y San Juan Tétla.
En 1653 la villa de Cadereyta fue elevada a la categoría de cabecera de una Alcaldía mayor, con jurisdicción sobre el valle de Maya y toda la Sierra Gorda al agregarle la jurisdicción que tenían las minas de Escanela.
En 1682 los Franciscanos del Santo Evangelio de México fundaron varias misiones de indígenas Chichimecos Jonaces en Maconí, El Palmar, La Nopalera, San José del Llano, Maconí, San Juan Tétla, Deconí, Ranas y Zimapán, pero pronto fueron abandonadas.
En 1687 los religiosos Dominicos fundaron misiones chichimecas en la Sierra Gorda de Cadereyta, entre ellas: La Nopalera, San José del Llano y Aguacatlán, mientras los misioneros Agustinos atendían las misiones de Jalpan y Pacula de la misma jurisdicción de Cadereyta.
Después de una campaña militar que culminó con la destrucción de la misión de La Nopalera en 1713, se pactó la paz de Maconí con los indios en 1715, lo que derivó en el reparto, en 1722, de los diecisiete sitios de la Sierra Gorda entre los soldados milicianos de la villa de Cadereyta que participaron en la campaña.
La importancia política, histórica y cultural de Cadereyta quedó de manifiesto al crearse el Estado de Querétaro en 1824 y el Partido de Cadereyta fue agregado al nuevo Estado de la federación mexicana, quedando como un Distrito Político.
Como Partido, Cadereyta aportó más de la mitad del territorio estatal que actualmente tienen los Municipios de Cadereyta de Montes, San Joaquín, Ezequiel Montes, Peñamiller, Pinal de Amoles, Jalpan, Arroyo Seco y Landa de Matamoros, así como el actual Municipio de Pacula en el Estado de Hidalgo.
Con esta división territorial y política de 1824, el Distrito de Cadereyta quedó integrado únicamente por la cabecera y las poblaciones de El Doctor, Bernal y Vizarrón, entre otras de menor importancia.
En el año 1861 la Villa de Cadereyta fue declarada ciudad, y hacia 1873 el Distrito y Prefectura de Cadereyta se reorganizó para quedar dividido en cuatro Ayuntamientos: la Cabecera, Vizarrón, El Doctor y Bernal. Estos tres últimos con la categoría de Sub-prefecturas hasta el año 1915, cuando Venustiano Carranza, Jefe del Ejército Constitucionalista Revolucionario, decretó la supresión de los Distritos e instituyó el sistema de Municipio Libre para todo el país.
El 11 de mayo de 1904 se agregó al nombre de Cadereyta el apellido “de Montes” en memoria del ilustre Lic. Ezequiel Montes, originario de este lugar, quedando con este nombre la ciudad y Distrito de Cadereyta de Montes.
En1933 la ciudad de Cadereyta fue invadida el 15 de octubre por los agraristas, cuyos crímenes incluyeron el encarcelamiento de más de 50 hacendados cadereytenses y el saqueo e incendio de la Presidencia Municipal. En 1941, con la última división territorial del Estado de Querétaro, el Municipio de Cadereyta de Montes quedó con la extensión actual; organizado en nueve Delegaciones Municipales: Vizarrón, El Doctor, Maconí, La Esperanza, Higuerillas, Bella Vista del Río, Boyé, El Palmar y Pathé.
